原告:重庆尚赏居地产集团有限公司，住所地重庆市铜梁区土桥镇政府大院内，统一社会信用代码915002247562207242.
法定代表人:刘升东，执行董事。
委托诉讼代理人:刘雪翱，重庆伟豪律师事务所律师。
委托诉讼代理人:宋欢，重庆伟豪律师事务所实习律师。
被告:重庆市铜梁区交通委员会，住所地重庆市铜梁区巴川街道中兴路82号，统一社会信用代码1150022400933463X3.
法定代表人:罗天琼，主任。
委托诉讼代理人:田荣华，重庆德功言律师事务所律师。
委托诉讼代理人:周崇伟，男，汉族，1974年11月8日出生，住重庆市铜梁县，系重庆市铜梁区公路局工作人员。
原告重庆尚赏居地产集团有限公司（以下简称尚赏居公司）与被告重庆市铜梁区交通委员会（以下简称铜梁区交委）建设工程施工合同纠纷一案，本院于2017年10月30日立案后，依法适用普通程序，公开开庭进行了审理。
原告尚赏居公司的委托诉讼代理人刘雪翱、宋欢，被告铜梁区交委的委托诉讼代理人田荣华、周崇伟到庭参加诉讼。
本案现已审理终结。
尚赏居公司向本院提出诉讼请求:1.判令被告支付原告回购款2061.16488万元、资金占用利息900万元、违约金100万元，共计3061.16488万元；2.本案诉讼费由被告承担。
事实和理由:2010年5月26日，原告与被告签订《渝遂高速公路铜梁互通（东）建设工程（BT融资建设）合同协议书》（以下简称《合同协议书》），约定:原告以BT方式承建渝遂高速公路铜梁互通（东）及连接线工程的路基土石方工程、桥梁涵洞工程、管网工程、路面工程、收费站及附属工程等的投（融）资、建设、移交；本项目的最终回购总价未审计后的建安工程费、BT甲方使用费（含征地搬迁费等）之和；回购方式为中标价折合的出让土地的收益进行回购；协议约定土地分三次进行招拍挂，约定出让土地拍卖后10个工作日内按规定将出让土地的收益作为工程进度款付到原告账户。
如被告未能按协议约定向原告支付款项时，应按照中国人民银行公布的同期贷款基准利率上浮20%付给原告利息，违约方支付另一方违约金100万元。
《合同协议书》签订后，原告于2010年6月21日进场施工，2014年5月4日完成交工验收。
经铜梁区审计局审计，项目总体结算金额为53906.143821万元，截止目前被告应支付原告53223.495194万元，已支付原告51162.330314万元，尚有回购款2061.16488万元未支付。
故起诉来院，请求判如所请。
铜梁区交委辩称:1.招标公告及《合同协议书》均约定出让土地的征收成本高于14.5万元/亩的部分应由BT乙方即原告尚赏居公司承担，需在土地出让收益中扣除；根据铜梁县国土资源和房屋管理局出具《关于东城塔山九组、金龙一组征地拆迁补偿安置因政策性调整增加土地征收成本的情况说明》，出让土地的征收成本高于14.5万元/亩的部分为2061.164880万元，因此原告所主张的2061.164880万元回购款应当作为增加的土地征收成本从被告应支付原告款项中扣除；2.尚赏居公司在本项目中已经超领款项；3.尚赏居公司主张违约金无事实根据，同时按两种违约金方式计算并叠加系重复主张。
请求驳回尚赏居公司的全部诉讼请求。
当事人围绕诉讼请求依法提交了证据，本院组织当事人进行了证据交换和质证。
原告尚赏居公司当庭举示如下证据:1.《渝遂高速公路铜梁互通口（东）建设工程（BT融资建设）合同协议书》、《龙腾大道工程施工合同补充协议》，拟证实双方所签订的合同协议书记补充协议合法有效，双方存在合同关系，应按照合同履行权利义务；2.《工程开工申请报告》，拟证明工程于2010年6月21日进场施工；3.公路工程（合同段）交工验收证书，拟证明2014年5月4日案涉工程完成交工验收；4.《重庆市铜梁区交通委员会关于扣收增加的土地征收成本的通知》，拟证明被告于2017年7月21日向原告发出通知，通知主要内容为:项目总体结算金额为53906.143821万元，增加的土地征收成本为2061.164880万元，余款51162.330314万元；拟证实被告尚欠原告2061.164880万元未付。
被告铜梁区交委对原告举示的证据发表如下质证意见:对原告举示证据的真实性、合法性均无异议，对证据4的证明目的有异议，总结算金额与扣减土地增加的征收成本是相对应的，如果原告认可扣减增加的土地征收成本，被告即认可总结算金额。
被告铜梁区交委举示了如下证据:1.《招标公告》，拟证明出让土地的征地拆迁安置费按14.5万元/亩约定，如有增加则以实际增加的为准，出让土地的征地拆迁安置费由中标人承担，在土地出让收益中扣除；2.《渝遂高速公路铜梁互通口（东）建设工程（BT融资建设）合同协议书》，拟证明合同约定招拍挂地块因政策性调整土地成本增加因素由BT乙方承担，原告在本项目中应收的总价款为工程审计金额+甲方使用费+（出让土地溢价-增加的土地征收成本）；3.《铜梁龙腾大道建设指挥部关于确认龙腾大道工程出让土地征收成本的通知》及附件，拟证实2013年12月4日项目建设指挥部书面通知原告出让地块的征收成本高于14.5万元/亩的部分经计算金额为2061.164880万元；4.原告关于龙腾大道工程出让土地征收成本的通知回复，拟证明原告对出让地块的征收成本高于14.5万元/亩的部分由其承担无异议；5.《铜梁县人民政府关于调整征地拆迁住房安置政策有关事项的通知》（铜府【2010】225号）、《铜梁县人民政府关于印发铜梁县征地拆迁限价商品住房实施办法（试行）的通知》（铜府发【2010】15号），拟证实铜梁县根据上级政府规定调整了征地拆迁标准；6.《审计报告》，拟证实工程审计金额为27305.945089万元。
原告尚赏居公司对被告举示的证据发表如下质证意见:对被告举示证据的真实性均认可；对证明目的有异议:证据1招标公告第4.2条明确约定如有增加应以实际增加为准；证据3附件国土局的情况说明仅仅计算了产生的费用，而该统计表中数据为增加总成本取平均数计算得出5.496万，不是实际增加的成本，且该成本中包括了契税等费用不属于土地增加成本的项目；证据4原告并未认可高于14.5万元部分由原告承担；证据5的两份文件发布时间是2010年12月，但施行时间为2010年1月1日，与国务院、重庆市政府相关文件的规定冲突，原告认为该两份文件对合同履行不具有约束力；对证据6无异议。
本院二次开庭庭审中，被告补充举示了如下证据:金龙一组、塔山九组付款凭证，拟证实截至2013年12月2日已支付给被征地单位及人员的费用总和；财政资金通用缴款书，拟证实支付被征地人员养老保险801.71504万元；会议纪要（铜府办纪要【2013】8号、【2013】18号），拟证实铜梁县政府开会研究决定征地补偿租金由150元调整为300元，契税先征后返，专项维修基金差额44元由财政解决的事实经过及决定契税实行减免的事实经过。
原告尚赏居公司对被告在第二次庭审中补充举示的证据的真实性未提出异议，但以举证逾期为由，对该证据的合法性提出异议。
经本院释明后，原告尚赏居公司发表质证认为:会议纪要对原告方不具有约束力，不能证明土地成本增加，被告要证明土地成本增加需要根据双方的合同来核定。
本院对双方当事人对证据“三性”无异议或未提出异议的证据均予以采信。
对被告逾期举示的证据，因其与本案存在关联，可视为新证据，故对其合法性予以采信。
对双方提出的证明目的异议，本院认为该证据与本案存在关联，故对其关联性予以采信，但能否证明举证人的诉讼主张，由本院综合全案进行综合判断。
庭审中，双方当事人共同确认，本案的争议焦点为:一、合同成立后是否存在土地成本增加的事实；二、如果存在土地成本增加，增加金额如何认定；三、原告主张的资金占用利息计算的本金、起算时间及利率如何认定；四、原告主张的100万元违约金针对被告何种违约行为。
根据本院采信的证据及当事人的法庭陈述，本院认定事实如下:
2010年5月26日，铜梁县交委（BT甲方）与尚赏居公司（BT乙方）签订《渝遂高速公路铜梁互通（东）建设工程（BT融资建设）合同协议书》，约定由尚赏居公司采取BT融资建设方式承建位于铜梁县白龙大道与金龙大道交汇点至渝遂高速公路K48+308.519处的渝遂高速公路铜梁互通口（东）及连接线工程项目。
《合同协议书》第九部分BT融资约定:合同总价为人民币26245.5938万元，其中建筑安装工程费（含设备及工具、器具采购费）14245.5938万元，BT甲方使用费（含征地拆迁费）12000万元；资金来源为以土地的出让收益支付BT乙方的投资，折合成用于本工程投资建设的出让土地374.937亩（土地价按照70万元/亩计算），宗地位于铜梁金龙大道西侧，庙坡农民还建房附近，地块编号为:A01、A06、A07。
（三）项目回购与土地招牌挂牌1.回购价格组成:本项目的最终回购总价为审计后的建安工程费、含设备及工具、器具费、BT甲方使用费（含征地搬迁费等）组成。
2.回购方式及时间:根据决算审计数计算项目回购基价，项目回购支付期限以本节第4条招牌挂牌时间为准。
2.3招拍挂出让地块（因政策性调整，土地成本增加因素由BT乙方承担）的出让综合价金用于项目建设。
若出让价在90万元/亩以内（含90万元/亩）的收益归BT乙方；出让价超过90万元/亩的溢价部分，政府与BT乙方按3:7比例分成；出让价超过110万元/亩的溢价部分，全归政府所有。
若无人竞标，则转为挂牌程序，由BT乙方自行摘牌，土地价格以基准价（即70万元/亩）为准。
2.4出让土地招拍挂牌时间规定:第一次为开工令发出3个月后6个月内按照总出让土地40%的面积进行招牌挂牌出让。
第二次按照总出让土地30%的面积进行招牌挂牌的时间为工程路基完成3个月后6个月内进行；第三次按照总出让土地30%的面积进行招牌挂牌的时间为工程交工验收移交后6个月内进行。
出让土地拍卖后10个工作日内按合同规定将出让土地收益作为工程进度款付到BT乙方账户，若质押土地无人竞标，则BT乙方以基准价（即70万元/亩）自行摘牌，政府以土地作为工程进度款按照合同规定支付给BT乙方。
2.5出让土地的成本（包括征收成本费及办理手续中的相关政策性费用，即14.5万/亩）先由BT乙方借支，政府3个月内归还（不计利息）；逾期未还者，按照同期商业银行贷款利率上调20%计利息。
（八）违约责任2.BT甲方违约（1）BT甲方未能按本协议约定向乙方支付款项时，应按中国人民银行公布的同期商业贷款基准利率上浮20%给BT乙方利息。
3.如一方违约，违约方支付另一方违约金100万元。
《合同协议书》签订后，原告于2010年6月21日进场施工，于2014年5月4日提交交工验收，铜梁区交委在交工验收报告上签署:“及时对缺陷进行处理，同意交工”。
因案涉土地出让价均超过110万/亩，双方对案涉土地出让溢价应由原告享有的部分为34万/亩×374.937亩=12747.8580万元无争议。
2013年12月4日，铜梁龙腾大道建设指挥部向原告发出《关于确认龙腾大道工程出让土地征收成本的通知》:“我指挥部已函请铜梁县国土房管局核算确定龙腾大道工程所涉及到的A01、A06、A07地块在征收过程中因政策性调整而增加的土地征收成本，请你单位及时与县国土房屋管理局联系，确认该三地块在征收时因政策性调整增加的土地征收成本。
我指挥部在支付工程款时将扣除国土房管局提供的因政策性调整增加的土地征收成本。
”该通知附件为铜梁县国土房屋管理局制作的《关于东城塔山九组、金龙一组征地拆迁补偿安置因政策性调整增加土地征收成本的情况说明》（以下简称《情况说明》）。
《情况说明》载明:1.尚赏居公司与铜梁县交委签订框架协议时间为2010年5月26日；2.征地拆迁发布公告时间为:征收土地通告为2010年9月19日，补偿安置方案公告为2010年10月11日，因政策性调整发布补充公告时间为2011年3月4日；我县2010年12月9日出台了关于调整征地拆迁住房安置政策有关事项的通知（铜府【2010】225号）及2010年12月22日关于印发《铜梁县征地拆迁限价商品住房实施办法（试行）的通知》（铜府发【2010】15号），该通知从2010年1月1日起执行。
由于2010年5月26日签订框架协议时是按照2008年的征地拆迁标准加上缴纳的批地规费协商的征地成本价为14.5万元/亩，而新的政策出台调整了住房安置补偿，同时被拆迁户可以选购限价商品住房，原住房安置对象5.2万元/人调整为6.6万元/人，特殊安置对象3.715万元/人调整为3.9万元/人，被拆迁户1800元/㎡购买限价商品房，政府需补贴2200元/㎡（4000元/㎡减去1800元/㎡）。
同时增加被拆迁户补偿或补助范围:1.租房补助；2.契税；3.专项维修基金。
附表《塔山9组、金龙1组征地拆迁政策调标增加补偿费及税费统计表》列明塔山9组、金龙1组征地面积合计525.86亩，调整增加补偿合计费用2890.230万元，亩平征地拆迁增加成本5.496万元；刘东升置押地即A01、A06、A07地块合计用地面积375.03亩，亩平征地拆迁增加成本5.496万元，计算得出征地拆迁成本增加补偿金额为2061.16488万元。
并附金龙1组、塔山9组端社时征地拆迁付款统计表。
2013年12月23日，原告向龙腾大道建设指挥部书面回复称:“我公司接通知后咨询有关部门，其BT融资建设合同所涉及编号为A01、A06、A07招拍挂出让地块，无政策性调整增加的土地征收成本，因此我司无需承担该成本。
2017年7月21日，被告向原告发出关于扣发增加的土地征收成本的书面通知，该通知主要载明:经相关会议研究决定，在目前应当支付的53223.495194万元中扣收2061.164880万元，用于支付增加的土地增收成本等拆迁安置费用。
2017年10月25日，原告向本院提起本案诉讼。
庭审中，双方对被告已支付原告款项金额51162.330314万元无异议，对案涉编号为A01、A06、A07地块属于金龙1组、塔山9组征地拆迁范围内无异议；原告要求资金占用利息按年利率24%计算。
本院审理中，原告书面提出对案涉A01、A06、A07地块土地成本进行鉴定，后书面提出撤回鉴定申请，第二次庭审中又坚持该鉴定申请。
审理中，本院依法组织双方进行了调解，并给予双方十日庭外和解期，但调解未果。
本院认为，原、被告2010年5月26日签订的《合同协议书》是双方真实意思表示，内容不违反法律、法规禁止性规定，系合法有效的合同，双方应当按照合同约定诚信履行。
被告于2017年7月21日向原告发出的关于扣发增加的土地征收成本的书面通知中，已经认可应付原告的金额为53223.495194万元，但同时又认为应扣除2061.164880万元，用于支付增加的土地增收成本等拆迁安置费用。
本院认为，本案合同虽然有“招拍挂出让地块，因政策性调整，土地成本增加因素由BT乙方承担”的约定，但被告方必须以证据充分证明本案存在因政策性调整导致土地成本增加的情形，方能适用该约定。
但被告在本案中举示的证据不足证明该抗辩主张的成立，原告主张的回购款、资金占用利息的请求应予支持。
理由如下:
第一，被告举示的铜梁县国土房管局出具的《关于东城塔山九组、金龙一组征地拆迁补偿安置因政策性调整增加土地征收成本的情况说明》、付款凭证等证据仅能够证实铜梁县政府在土地过程中实际付款情况，但不能证实该付款行为是因政策原因导致了土地成本的增加；
第二，被告举示的铜梁县政府会议纪要（铜府办纪要【2013】8号）证实铜梁县政府在2010年3月14日即已开会研究决定对征地拆迁补偿中租金补贴由150元调整为300元，契税先征后返，专项维修基金差额44元由财政解决，而本案《合同协议书》签订的时间是2010年5月26日，因此铜梁县政府在测算每亩14.5万元补偿标准的时候是否将拟变更的内容计算在内现有证据不能证实；
第三，铜梁县政府《关于调整征地拆迁住房安置政策有关事项的通知》（铜府【2010】225号）和《关于印发的通知》（铜府发【2010】15号）颁布时间为2010年12月9日和22日，上述两个文件要求从2010年1月1日开始执行。
本院认为该文件对本案BT合同不具有约束力。
本案被告是铜梁县政府的职能部门，因此其行为体现的是铜梁县政府的意志，而双方签订的BT合同是平等主体之间的民事合同，因此即使存在合同约定的政策性调整，该政策性调整也应解释为合同之外有权制定政策的第三方作出的合法调整，即应当由铜梁县政府的上级机关制定发布的政策才能对本案合同双方有约束力，否则，等于赋予了被告对合同内容的任意变更权，难以体现民事合同双方的平等性，对合同乙方显失公平。
综上所述，被告所辩称土地成本存在政策性增加的理由不能成立，其抗辩主张本院不予支持。
被告应当按约定支付原告回购款余额2061.164880万元。
关于原告所主张的资金占用利息。
被告未按合同约定足额支付原告回购款，应当就迟延付款行为向原告承担违约责任。
根据双方《合同协议书》约定，出让土地拍卖后10个工作日内按合同规定将出让土地收益作为工程进度款付到BT乙方账户，BT甲方未能按协议约定向乙方支付款项时，应按中国人民银行公布的同期商业贷款基准利率上浮20%给BT乙方利息。
工程于2014年5月4日交工，原告起诉主张从2014年5月14日起以2061.164880万元为基数按照中国人民银行公布的同期贷款利率上浮20%计算资金占用损失具有事实及法律依据，本院予以准许。
原告庭审中主张按照年利率24%主张资金占用损失无法律依据，不予支持。
关于原告主张的100万元违约金问题。
虽然合同约定如一方违约，违约方支付另一方违约金100万元，但原告主张被告违约行为未按照合同约定时间付款，因双方在合同中就迟延付款的违约责任作了特别约定，即按照人民银行贷款利率上浮20%支付利息，因此原告就同一事由主张两种违约金系重复主张，本院不予支持。
关于原告坚持的鉴定申请问题。
因原告已获得本案胜诉判决，其鉴定已无必要，故其鉴定申请本院不予准许。
综上所述，原告重庆尚赏居地产集团有限公司公司的诉讼请求部分成立。
根据《中华人民共和国民法通则》第八十四条 ，《中华人民共和国合同法》第八条 、第一百零七条 、第二百六十九条 、第二百七十九条 ，《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条 第一款 、第一百四十二条 之规定，判决如下:
一、被告铜梁区交通委员会于本判决生效之日起十日内支付原告重庆尚赏居地产集团有限公司回购款2061.164880万元；
二、被告铜梁区交通委员会支付原告重庆尚赏居地产集团有限公司资金占用利息（以2061.164880万元为本金，从2014年5月14日起至本判决确定的给付之日止，利率按照中国人民银行公布的同期贷款利率上浮20%计算，资金占用利息总金额以原告请求的900万元为限）；
三、驳回原告重庆尚赏居地产集团有限公司的其他诉讼请求。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条 之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
案件受理费194858元，由被告铜梁区交通委员会负担。
如不服本判决，可以在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按照对方当事人或者代表人的人数提出副本，上诉于重庆市高级人民法院。
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