原告:刘克述，男。
委托诉讼代理人:王治文，男，湖南四维律师事务所律师。
委托诉讼代理人:何沅丽，女，湖南四维律师事务所实习律师。
被告:湘西自治州新大通房地产开发有限公司，住所地:吉首市沙子坳州路桥公司200米处鱼塘边四楼，统一社会信用代码:9143310056354620X9。
法定代表人:吴金芝。
委托诉讼代理人:戴荣军，男。
委托诉讼代理人:向加清，男，湖南共盛律师事务所律师。
原告刘克述与被告湘西自治州新大通房地产开发有限公司房屋拆迁安置补偿合同纠纷一案，本院于2018年5月16日立案后，依法适用简易程序，公开开庭进行了审理。
原告刘克述及其委托诉讼代理人王治文、被告湘西自治州新大通房地产开发有限公司的委托诉讼代理人戴荣军、向加清到庭参加诉讼。
本案现已审理终结。
原告向本院提出诉讼请求，请求依法判令:一、被告对其开发的吉首市团结家园房屋（涉诉房屋）组织竣工验收，为原告团结家园604号房产办理不动产权属证，并承担办证所需的全部费用。
二、被告向原告支付租金（21个月）29400元，违约金20000元，房屋差价款15347.5元,合计被告应向原告支付64747.5元。
三、被告承担本案的诉讼费用。
事实和理由:被告开发湘西自治州畜牧水产局机关宿舍区（旧宿舍楼）商住楼项目过程中，于2010年12月18日与原告签订了《州畜牧水产局机关宿舍区（旧宿舍楼）商住楼开发新、旧住房置换合同》。
被告于2012年2月15日拆除原告原有房屋，同年12月18日开工建设，2013年10月主体封顶，2015年6月30日被告向原告交付了置换房，但至今未办竣工验收手续。
被告仅按约支付租金到2013年12月止，双方约定2013年3月至2013年12月共10个月的租金抵交电梯款。
计算到被告向原告交付房屋时止，被告尚欠原告租金29400元（2014年元月至2015年9月，21个月的租金）。
原告2015年6月30日收到新房钥匙，被告按约应于2015年12月31日前为原告办好产权证书，但到目前为止，被告尚未组织办理竣工手续，无法办理产权证书，已严重违约。
按照约定，被告应支付原告违约金已达数十万元，但原告只向被告主张20000元的违约损失。
原告的实际新房面积128.5平方米比约定置换的面积137.04平方米少8.77平方米，按照合同约定，被告需向原告支付房屋差价款15347.5元，综上，被告需向原告支付64747.5元。
被告湘西自治州新大通房地产开发有限公司答辩称，一、被告未办理竣工验收的原因不是被告原因所致。
办理房屋产权证的过程中，原告应当对超出旧房产证登记的面积部分承担契税、房屋维修基金。
因房产的权属登记证书，为原告所有，依据民事权利义务对等的原则，该部分费用应当由原告支付。
二、原告的起诉时间是2018年5月16日，被告领取钥匙的时间为2015年6月30日，根据《中华人民共和国民法通则》第一百三十六条 的规定，延付或拒付租金的，诉讼时效期间为一年。
原告主张租金部分的诉求已经超过诉讼时效。
三、违约责任。
其一，被告不存在延期交房的行为。
根据《住宅专项维修资金管理办法》第十三条 的规定，原告截止开庭前没有缴纳维修基金，所以被告不存在延期交房的情形。
其二，被告不存在逾期办证的行为。
因原告没有缴纳维修基金无法办证，没有按合同约定向被告缴纳超出部分面积的购房款。
虽置换合同没有约定补差价的时间，但根据《中华人民共和国合同法》第六十一条 、第一百六十一条 的规定，不能确定时间的，原告应当在收到标的物或者提取标的物单证的同时支付。
因此原告应当在2015年6月30日被告缴纳面积多出部分的房款，但被告并没有补缴，故原告违约，被告不存在违约。
其三，被告认为，原告主张被告未支付超期租金的诉求已经超过法定诉讼时效，应当不予支持。
四、置换面积的问题。
根据《中华人民共和国物权法》第九条 、第十七条 的规定，原告超出其房屋产权证的面积是占用国家机关用地。
原告只有权处分房屋产权证登记的面积。
原告提供的湘西州牧畜水产局机关宿舍旧楼房住户面积测量统计表系原告单方面所为，置换合同中对于置换前面积违约违反法律规定，应当以原告房屋产权证登记的面积为准。
由于原告的旧房面积小于置换后的新房面积，原告应当按照合同约定向被告补足房屋差价。
当事人围绕诉讼请求依法提交了证据，本院组织当事人进行了证据交换和质证。
对当事人无异议的证据，本院予以确认并在卷佐证。
原告提交的湘西自治州畜牧水产局机关宿舍区（旧宿舍楼）商住楼开发新、旧房转换合同及附件、湘西自治州畜牧水产局机关旧宿舍改造19户住户领取新房钥匙登记表、湘西自治州畜牲水产局旧宿舍住房领取搬迁费情况统计表及被告项目部出具的说明，本院认为，该证据符合证据的合法性、客观性、关联性，本院予以采信。
原告提交的湘西自治州畜牧水产局机关宿舍旧楼房住房面积测量统计表及湘西州畜牧水产局新宿舍住户房屋、户型、楼层、房号及面积与房产局测绘面积报告书的核对表，本院认为，此表仅当事人双方的核对，无其他证据佐证案件客观事实，本院不予采信。
原告提交的交付房屋现场的照片，因其已经撤回关于其证明的诉讼请求，本院不予认证。
被告提交原告的房屋产权证，本院认为，该证据符合证据的合法性、客观性、关联性，本院予以采信。
被告提交的吉首市房产局测量报告书的复印件，该证据不符合证据的形式规则，本院不予采信。
被告提交的汪文锋、黄双、张庆兵、符南燕出具的领条复印件、2011年5月5日湘西州畜牧水产局关于修建小高层商住楼的请示报告复印件、2007年元月十日湘西州畜牧水产局关于改建湘西州畜牧水产局办公及宿舍楼的请示、2011年4月13日湘西州国土资源局关于畜牧水产局国有划拔土地挂牌出让土地手续办理问题的请示、州牧畜水产局机关宿舍区商住楼开发合同及补充合同，本院认为，以上证据与本案无关联性，本院不予采信。
本院认定事实如下:被告开发湘西自治州畜牧水产局机关宿舍区（旧宿舍楼）商住楼项目团结家园。
2010年12月18日，被告与原告签订了《州畜牧水产局机关宿舍区（旧宿舍楼）商住楼开发新、旧住房置换合同》，原告将其位于（建筑面积92.23平米）与被告进行置换。
双方约定，“第五条……5.3.甲方（被告）为乙方（原告）办理置换新房合法的、有效的土地使用证、房产证。
办理土地使用证、房产证等一切费用均由甲方负责。
从乙方收到新房及钥匙之日起6个月内时间，为甲方给乙方办理土地使用证、房产证的时间。
5.4甲方向乙方交付置换新房之日起顺延3个月为乙方装修期，装修期间的月租金由甲方承担。
5.5甲方如延期向乙方交付置换新房，每月向乙方支付1400元租金。
……第八条违约责任。
甲、乙双方如有一方违反合同条款，每日按合同总价款万分之二计算违约金，赔偿给守信方。
……6.6按照国家有关政策规定，由乙方承担置换后新房的维修基金。
合同签订后，原告将旧房屋产权证交给被告。
2011年5月20日被告向湘西自治州畜牧水产的置换户支付搬迁费共计20万元，被告于2012年5月15日拆除旧楼，于2013年4月30日开工，于2014年11月完工。
在施工期间，被告与置换户协商，将被告向湘西自治州牧畜水产局19名置换户支付2013年3月至2013年12月31日（10个月）的租金190000元用于抵减置换户应支付的电梯费用。
2015年6月30日原告领取置换被告开发的团结家园604号房钥匙并接收了该房屋，但至今被告仍未办理竣工验收手续及房屋产权证。
原告接收该房屋后，进行了装修，并居住使用。
双方在置换合同中没有明确约定交房时间，在庭审过程中，原、被告双方达成合意，将房屋的交付时间确认为2013年12月底。
本院认为，原、被告签订《州畜牧水产局机关宿舍区（旧宿舍楼）商住楼开发新、旧住房转换合同》系双方真实意思的表示，未违反法律法规的强制性规定，本院予以确认。
合同双方当事人应按照合同约定享有权利、履行义务。
本案争议的焦点:一、关于房屋不动产登记相关费用承担。
本案中，被告承认有应当为原告办理不动产登记的义务，但是对办理不动产登记费用的承担持有异议。
按照双方置换合同5.3、6.6的约定及相关法律法规的规定，被告应及时办理团结家园商住楼竣工验收，并协助为原告办理好不动产登记，并承担办理不动产登记原告交纳税、费以外的费用。
二、被告是否存在欠付租金补偿金的情形。
双方未约定交房的具体时间，在庭审过程中，原告与被告达成2013年12月31日为置换合同的交房日期。
原告2015年6月30日领取了置换房屋的钥匙。
置换合同中5.4约定，被告愿意承担交房后三个月装修期间的租金，并承担延期交房，按每月1400元/月的租金。
现原告向被告主张2014年1月至2015年9月30日（共计21个）期间的未付租金，并按每月1400元/月标准计算。
被告却认为，原告主张的租金适用《中华人民共和国民法通则》第一百三十六条 规定的一年诉讼时效。
本院认为，延付或者拒付租金情形是指承租人欠付出租人租金的情形，而本案中，被告补偿原告租金是因逾期交房、交房后装修期间导致原告租赁房屋的经济损失，并非纯粹的房屋租金。
原告主张的29400元的租金补偿金应当适用《中华人民共和国民法总则》第一百八十八规定的三年诉讼时效。
故原告要求被告给付延期交房、装修期间的租金补偿金29400元的主张，本院予以支持。
三、被告是否有违约的情形。
原告提出被告有逾期交房、未办理房屋权属证、未按约定支付租金补偿金行为。
本案中，双方确认合同交房时间为2013年12月底，而实际被告于2015年6月30日才向原告交付房屋，且交付的房屋一直没有竣工验收，被告亦未按期协助为原告办理产权登记。
被告有未按约定交房、未按期协助为原告办理产权登记的行为，已构成违约。
被告向原告交付房屋时，又未及时按照约定向原告支付租金补偿费用。
原告向被告主张违约金20000元，本院综合原告的损失状况、合同的履行情况、当事人的过错程度以及预期利益等因素，依据公平原则，将违约金调整为5000元。
四、关于置换房屋面积差价的问题。
被告对置换合同中约定置换后的面积持有异议，亦对置换后实际的新房面积亦持有异议。
本院认为，该置换后的房屋于2014年11月完工，而原告提交的2013年11月10日湘西自治州畜牧局新宿舍住房房屋、户型、楼层、房号及面积与房产局测量面积报告书的核对表时间早于置换房屋完工之日，不应当作为置换后房屋面积的依据。
现置换房屋仍未竣工验收，亦未办理产权登记手续。
置换后的房屋面积应当以产权登记簿登记的面积为准。
对于原告主张置换后房屋面积小于约定面积的差价，因该置换房屋的面积未最终确定，该部分权益涉及双方利益，本院对该置换房屋的差价款补偿问题，暂不作处理。
双方可在房屋产权登记后进行协商或另案处理。
依据《中华人民共和国合同法》第五条 、第六十条 、第一百零七条 、《中华人民共和国民法总则》第一百八十八条、《最高人民法院关于的解释》第九十条的规定，判决如下:
一、被告湘西自治州新大通房地产开发有限公司于本判决书生效之日起三个月内协助为原告刘克述办理好团结家园604号房的不动产权属证，并承担办理不动产登记证原告应依法纳税、费以外的费用；
二、被告湘西自治州新大通房地产开发有限公司于本判决书生效之日起十日内向原告刘克述支付租金补偿金29400元；
三、被告湘西自治州新大通房地产开发有限公司于本判决书生效之日起十日内向原告刘克述支付违约金5000元；
四、驳回原告刘克述的其他诉讼请求。
案件受理费2169元，减半收取1085元，由原告刘克述承担755元，被告湘西自治州新大通房地产开发有限公司承担330元。
如不服本判决，可以在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按照对方当事人的人数提出副本，上诉于湖南省湘西土家族苗族自治州中级人民法院。
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